Сравнительный филогеографический анализ изменчивости митохондриальной ДНК четырех видов рыб (Salmonidae и Cyprinidae) в Северо-Западной Пацифике

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Исследована генетическая изменчивость митохондриальных генов COI и cytb в выборках крупночешуйной красноперки Tribolodon hakonensis (Günther, 1877) и мелкочешуйной красноперки Tribolodon brandtii (Dybowski, 1872) у побережья о-ва Сахалин и материкового побережья Японского моря. Выявленные закономерности сопоставлены с данными, полученными на сходном ареале для сахалинского тайменя Parahuсho perryi (Brevoort, 1856) и кеты Oncorhynchus keta (Walbaum, 1792). Сравнительный анализ показал, что формирование внутривидовых линий мтДНК у четырех видов рыб связано с палеоклиматическими изменениями в регионе северо-западной Пацифики в период плейстоцена и в значительной степени синхронизировано по времени. Во многих случаях рассчитанное время дивергентной эволюции генеалогических линий мтДНК совпадает, что говорит о влиянии сходных факторов эволюции на исследованные виды.

Об авторах

Вл. А. Брыков

Национальный научный центр морской биологии им. А.В. Жирмунского (ННЦМБ) ДВО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: vlbrykov@mail.ru
Россия, 690041, Владивосток

В. В. Маляр

Национальный научный центр морской биологии им. А.В. Жирмунского (ННЦМБ) ДВО РАН

Email: vlbrykov@mail.ru
Россия, 690041, Владивосток

Список литературы

  1. Большаков С.Г. Некоторые особенности биологии, рост и возраст мелкочешуйной Tribolodon brandtii и крупночешуйной T. hakonensis дальневосточных красноперок на юге Приморья // Изв. ТИНРО. 2013. С. 127–144.
  2. Брыков Вл.А., Полякова Н.Е., Семина А.В. Сравнительный анализ изменчивости митохондриальной ДНК у четырех видов дальневосточных красноперок рода Tribolodon (Pisces, Cyprinidae) // Генетика. 2013. Т. 49. № 3. С. 355–365.
  3. Гудков П.К., Полякова Н.Е., Семина А.В., Назаркин М.В. Сравнительный морфологический анализ крупночешуйной красноперки Tribolodon hakonensis Günther, 1877 (Cyprinidae, Cypriniformes) // Вопр. ихтиологии. 2010. Т. 50. № 6. С. 772–776.
  4. Каплин П.А., Селиванов А.О. Изменения уровня морей России и развитие берегов: прошлое, настоящее, будущее. М.: ГЕОС. 1999. 299 с.
  5. Маляр В.В., Брыков В.А. Генетическая изменчивость у анадромных рыб кеты Oncorhynchus keta (Walbaum, 1792) и сахалинского тайменя Parahuсho perryi (Brevoort, 1856) из северо-западной Пацифики как отражение осцилляций палеоклимата // Биол. моря. 2016. Т. 42. № 4. С. 289–299.
  6. Маляр В.В. Сравнительная филогеография четырех видов рыб семейств Salmonidae и Cyprinidae в Японском и Охотском морях: Автореф. дис. … канд. биол. наук. Владивосток. 2017. 26 с.
  7. Рязанова И.Н., Полякова Н.Е. Дифференциация крупночешуйной красноперки Tribolodon hakonensis (Pisces: Cyprinidae) на российской части ареала по данным кариологического анализа и ПЦР-ПДРФ-анализа митохондриальной ДНК // Генетика. 2012. Т. 48. № 2. С. 225–234.
  8. Семина А.В., Полякова Н.Е., Брыков Вл.А. Генетический анализ выявляет криптический вид у дальневосточных красноперок рода Tribolodon // Докл. Академии наук. 2006. Т. 407. № 4. С. 571–573.
  9. Avise J.C. Phylogeography. The History and Formation of Species. Cambridge: Harvard University Press. 2000. 447 p.
  10. Avise J.C., Walker D.E., Johns G.C. Speciation durations and Pleistocene effects on vertebrate phylogeography // Proc. R. Soc. Lond., Ser. B: Biol. Sci. 1998. V. 265. № 1407. P. 1707–1712.
  11. Bandelt H.-J., Forster P., Röhl A. Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies // Mol. Biol. Evol. 1999. V. 16. № 1. P. 37–48.
  12. Brown W.M., George M., Wilson A.C. Rapid evolution of animal mitochondrial DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. 1979. V. 76. № 4. P. 1967–1971.
  13. Crête-Lafrenière A., Weir L.K., Bernatchez L. Framing the Salmonidae family phylogenetic portrait: a more complete picture from increased taxon sampling // PLoS One. 2012. V. 7. № 10. P. e46662.
  14. Darriba D., Taboada G.L., Doallo R., Posada D. jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing // Nat. Methods. 2012. V. 9. № 8. P. e772.
  15. Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D., Rambaut A. Baye-sian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7 // Mol. Biol. Evol. 2012. V. 29. № 8. P. 1969–1973.
  16. Huson D.H., Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies // Mol. Biol. Evol. 2006. V. 23. № 2. P. 254–267.
  17. Korotky A., Grebennikova T., Razjigaeva N. et al. Marine terraces of western Sakhalin Island // Catena. 1997. V. 30. № 1. P. 61–81.
  18. Librado P., Rozas J. DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data // Bioinformatics. 2009. V. 25. № 11. P. 1451–1452.
  19. Martin A.P., Palumbi S.R. Body size, metabolic rate, gene-ration time, and the molecular clock // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993. V. 90. № 9. P. 4087–4091.
  20. Mayr E. Animal Species and Evolution. Cambridge: Harvard University Press. 1963. 797 p.
  21. Miller M.A., Pfeiffer W., Schwartz T. Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees // Proc. Gateway Computing Environments Workshop (GCE). New Orleans. 2010. P. 1–8.
  22. Sakai H., Goto A., Jeon S.R. Speciation and dispersal of Tribolodon species (Pisces, Cyprinidae) around the Sea of Japan // Zool. Sci. 2002. V. 19. № 11. P. 1291–1303.
  23. Sasaki T., Kartavtsev Y.P., Chiba S.N. et al. Genetic divergence and phylogenetic independence of Far Eastern species in subfamily Leuciscinae (Pisces: Cyprinidae) inferred from mitochondrial DNA analyses // Genes and Genetic Systems. 2007. V. 82. № 4. P. 329–340.
  24. Stepien C.A., Dillon A.K., Patterson A.K. Population gene-tics, phylogeography, and systematics of the thornyhead rockfish (Sebastolobus) along the deep continental slopes of the North Pacific Ocean // Canadian J. Fish. Aqua. Sci. 2000. V. 57. № 8. P. 1701–1717.
  25. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: Mole-cular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods // Mol. Biol. Evol. 2011. V. 28. № 10. P. 2731–2739.
  26. Templeton A.R., Routman E., Phillips C.A. Separating population structure from population history: a cladistic analysis of the geographic distribution of mitochondrial DNA haplotypes in the Tiger Salamander, Ambystoma tigrinum // Genetics. 1995. V. 140. № 2. P. 767–782.
  27. Thompson J.D., Higgins D.G., Gibson T.J. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positions specific gap penalties and weight matrix choice // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. № 22. P. 4673–4680.
  28. Watanabe K., Sakai H., Sanada T., Nishida M. Comparative phylogeography of diadromous and freshwater daces of the genus Tribolodon (Cyprinidae) // Ichthyol. Res. 2018. V. 65. P. 383–397.
  29. Yoon M., Sato S., Seeb J.E. et al. Mitochondrial DNA variation and genetic population structure of chum salmon Oncorhynchus keta around the Pacific Rim // J. Fish Biol. 2008. V. 73. № 5. P. 1256–1266.
  30. Zardoya R., Doadrio I. Molecular evidence on the evolutionary and biogeographical patterns of European cyprinids // J. Mol. Evol. 1999. V. 49. № 2. P. 227–237.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2.

Скачать (276KB)
Метаданные
3.

Скачать (288KB)
Метаданные
4.

Скачать (108KB)
Метаданные

© Вл.А. Брыков, В.В. Маляр, 2023